1985年在国防科技大学辐射物理专业获学士学位，1988年在中国科学院实验核物理专业获硕士学位，1992年在上海交通大学电磁场与微波技术专业获博士学位，然后留校工作至今，1994年－1996年在香港中文大学和美国加州大学伯克利分校作博士后研究。现为上海交通大学副校长、讲席教授，高速电子系统设计与电磁兼容教育部重点实验室（B类）主任。 
       毛军发长期从事集成电路互连与封装、微波射频电路与系统以及电磁兼容等领域研究，在高速集成电路互连信号完整性理论、射频电子元件与三维封装技术、电子系统电磁兼容与防护等方面做出了系统性贡献，用电磁场微波理论发展了微电子学。在这些领域主持了国家973计划(首席)、863计划、国家预研基金、国家自然基金仪器重大专项、国家自然基金委创新群体、国家自然基金重点项目等10多项国家级项目研究。注重将基础理论创新发展到技术突破和工程应用，先后获国家自然科学二等奖（排名2）、国家技术发明二等奖（排名1）、国家科技进步二等奖（排名1）、何梁何利基金科学与技术创新奖各1项。已发表400多篇学术论文，包括IEEE 刊物论文110多篇，获授权发明专利28项。
       毛军发院士是教育部“长江学者奖励计划”特聘教授和创新团队学术带头人，国家杰出青年科学基金获得者，国家自然科学基金委创新研究群体带头人，973首席科学家，中国电子学会会士、微波分会主任委员，装发部电磁兼容与防护专业组专家，IEEE Fellow，2015 IEEE FELLOW COMMITTEE MEMBER。2011年受邀在国际微波领域排名第一的IEEE IMS会议上介绍我国射频电子封装研究进展；担任2011年IEEE先进封装设计会议、2015年亚太微波会议、2016年IEEE国际无线通信会议大会共主席。毛军发曾担任国家863计划13主题专家组成员，国务院电子科学与技术学科评议组成员。